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去泛素化酶(DUB)工作原理介紹

更新時(shí)間:2025-08-07   點(diǎn)擊次數(shù):265次

蛋白質(zhì)被泛素-蛋白酶體系統(tǒng)降解需經(jīng)過(guò)以下過(guò)程:①靶蛋白的泛素化;②靶蛋白的降解。三種重要的酶共同介導(dǎo)了靶蛋白泛素化過(guò)程:泛素活化酶(ubiquitin activating enzyme,E1)、泛素結(jié)合酶(ubiquitin conjugating enzyme,E2)和泛素連接酶(ubiquitin-protein ligase,E3)。E1水解ATP后與泛素分子C端形成硫酯鍵,然后E1將活化的泛素遞交給E2,最后泛素在E3的募集作用下,從E2轉(zhuǎn)移到靶蛋白上,或者靶蛋白首先與E3結(jié)合,泛素再轉(zhuǎn)移過(guò)來(lái)。泛素化的靶蛋白最終進(jìn)入26S蛋白酶體而被降解,而泛素分子則從泛素鏈中分離開(kāi)來(lái),從而實(shí)現(xiàn)重復(fù)利用。關(guān)于E1的作用機(jī)制及具體數(shù)目尚不明確,在人類組織中至少已發(fā)現(xiàn)了40多種E2及700多種E3。且E3具有高度的底物特異性,通過(guò)識(shí)別和結(jié)合特異的靶蛋白序列或降解決定子(degron),即N末端法則實(shí)現(xiàn)對(duì)靶蛋白的選擇性降解。

泛素一蛋白酶體途徑(ubiquitin-proteasome pathway)是細(xì)胞內(nèi)一個(gè)重要的蛋白質(zhì)降解調(diào)節(jié)系統(tǒng)。通過(guò)對(duì)底物蛋白的多聚泛素化并經(jīng)蛋白酶體降解,可以影響或調(diào)節(jié)多種細(xì)胞活動(dòng),包括:基因轉(zhuǎn)錄、細(xì)胞周期調(diào)節(jié)、免疫反應(yīng)、細(xì)胞受體功能及腫瘤生長(zhǎng)、炎癥過(guò)程等。該途徑也是一種動(dòng)態(tài)的蛋白質(zhì)雙向修飾調(diào)控系統(tǒng),在體內(nèi)由泛素連接酶系統(tǒng)(E1-E2-E3)對(duì)底物進(jìn)行泛素化修飾,去泛素化酶(DUB)家族負(fù)責(zé)通過(guò)水解泛素羧基末端的酯鍵、肽鍵或異肽鍵,將泛素分子特異性的從鏈接有泛素的蛋白質(zhì)或者前體蛋白水解下來(lái),起到去泛素化的作用,對(duì)蛋白降解進(jìn)行反向調(diào)節(jié),從而影響蛋白質(zhì)的功能。


 

去泛素化酶是一類數(shù)量很大的蛋白酶家族,主要分為五個(gè)家族,分別是泛素羧基末端水解酶(UCH)家族,泛素特異性蛋白酶(USP/UBP)家族,Otubaim(OTU)家族,Josephin結(jié)構(gòu)域蛋白家族及JAMM家族。
在細(xì)胞內(nèi)去泛素化酶的功能可大致分為以下幾種: (1)加工泛素前體, 產(chǎn)生自由的泛素分子; (2)移除蛋白質(zhì)上的泛素鏈, 避免蛋白質(zhì)被蛋白酶體降解, 從而穩(wěn)定蛋白質(zhì); (3) 移除蛋白質(zhì)上連接的非降解泛素化信號(hào); (4)通過(guò)阻 止泛素分子與底物蛋白質(zhì)一起被降解, 確保細(xì)胞內(nèi)泛素分子的穩(wěn)態(tài); (5)參與細(xì)胞內(nèi)游離泛素鏈的解體; (6)通過(guò)剪切泛素鏈, 編輯泛素鏈的類型。


 



去泛素化酶(Deubiquitinating enzymes, DUB):與泛素化修飾需要E1、E2及E3三種酶共同作用不同,去泛素化的過(guò)程只需要DUBs,且DUBs作用的底物蛋白是被泛素修飾的蛋白(圖1)。DUBs通過(guò)水解泛素分子羧基末端的肽鍵、異肽鍵或酯鍵從而去除底物蛋白中的泛素或通過(guò)縮短共軛泛素鏈來(lái)抵消泛素化,進(jìn)而抑制底物蛋白的降解(Vogel K and Isono E., 2024)。

 

圖1 泛素化和去泛素化過(guò)程(Zheng et al., 2023)。泛素化過(guò)程由E1泛素活化酶、E2泛素偶聯(lián)酶和E3泛素連接酶完成。E1酶激活泛素并將其轉(zhuǎn)移到E2酶。然后,E2酶與E3酶相互作用,導(dǎo)致泛素從E2酶轉(zhuǎn)移到特定的靶蛋白。泛素化蛋白可以被蛋白酶體識(shí)別和降解。泛素化可以通過(guò)去泛素化逆轉(zhuǎn),去泛素化是一種將泛素從靶蛋白中分離出來(lái)的過(guò)程。


去泛素化酶的分類

在真核生物中,根據(jù)催化機(jī)制的不同,DUBs可分為兩大類:半胱氨酸蛋白酶家族和金屬蛋白酶家族(圖2)。其中,半胱氨酸蛋白酶家族包括泛素特異性蛋白酶(USPs)、泛素C端水解酶(UCHs)、Machado?Joseph結(jié)構(gòu)域蛋白酶(MJDs)、卵巢腫瘤蛋白酶(OUTs)、Motif與泛素分子結(jié)合的DUB家族蛋白酶(MINDYs)和含鋅指泛素肽酶(ZUP/ZUFSP)六類;而金屬蛋白酶家族只包含MPN(+)/JAMM蛋白酶家族(Clague et al., 2019)。根據(jù)當(dāng)前已有的DUBs研究結(jié)果, Vogel K和Isono E兩位研究者統(tǒng)計(jì)了擬南芥中DUBs的種類及其對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)域(圖3)。

圖2 特異性DUBs的催化機(jī)制(Vogel K and Isono E., 2024)。(A)以泛素二聚體為底物的半胱氨酸蛋白酶DUBs的催化機(jī)制。S1位點(diǎn)結(jié)合末端或遠(yuǎn)端泛素(UB環(huán)),而S1'位點(diǎn)結(jié)合近端泛素,該泛素有一個(gè)游離的C端或與靶蛋白結(jié)合。這些結(jié)合位點(diǎn)有助于將遠(yuǎn)端泛素的C端甘氨酸(G)和近端泛素的賴氨酸(K)之間的異肽鍵定位在活性位點(diǎn)附近。活性位點(diǎn)三聯(lián)體由半胱氨酸(C)、組氨酸(H)和天冬氨酸(D)組成。在第一步中,半胱氨酸側(cè)鏈的硫陰離子在異肽鍵的親電碳原子上發(fā)生親核攻擊。半胱氨酸側(cè)鏈的硫陰離子被質(zhì)子化組氨酸側(cè)鏈穩(wěn)定,而組氨酸側(cè)鏈又被天冬氨酸側(cè)鏈穩(wěn)定。親核攻擊后,催化位點(diǎn)半胱氨酸的硫原子與異肽鍵的碳原子之間形成臨時(shí)鍵,導(dǎo)致異肽鍵斷裂,近端泛素釋放。親電的碳原子是硫酯鍵的一部分,可以被來(lái)自水分子的親核氧攻擊。隨后,來(lái)自水的羥基與遠(yuǎn)端泛素的C端甘氨酸的碳原子結(jié)合,將遠(yuǎn)端泛素從催化側(cè)移除。催化位點(diǎn)組氨酸被來(lái)自水分子的第二個(gè)質(zhì)子質(zhì)子化;(B)金屬蛋白酶DUBs的催化機(jī)理。遠(yuǎn)端泛素和近端泛素分別與S1和S1'位點(diǎn)結(jié)合,使異肽鍵靠近活性位點(diǎn)。活性位點(diǎn)包括一個(gè)絲氨酸(S)、一個(gè)天冬氨酸(D)、兩個(gè)組氨酸(H)、一個(gè)谷氨酸(E)和一個(gè)由組氨酸和天冬氨酸配位的鋅質(zhì)子(Zn2+)。在泛素結(jié)合之前,活性位點(diǎn)的鋅質(zhì)子與水分子發(fā)生反應(yīng),這使得水分子處于活性中心,允許它的1個(gè)質(zhì)子與谷氨酸側(cè)鏈上帶負(fù)電的氧原子結(jié)合,進(jìn)而形成一個(gè)帶負(fù)電荷的羥基,這個(gè)羥基此時(shí)處于攻擊異肽鍵的親電碳的最佳位置。當(dāng)與泛素結(jié)合時(shí),來(lái)自異肽鍵的親電碳受到來(lái)自水的親核氧的攻擊,該反應(yīng)通過(guò)活性位點(diǎn)絲氨酸對(duì)異肽鍵羰基氧原子的暫時(shí)穩(wěn)定促進(jìn)。水的親核攻擊引起異肽鍵的水解,導(dǎo)致遠(yuǎn)端和近端泛素的釋放。遠(yuǎn)端泛素的C末端甘氨酸與來(lái)自水分子的羥基結(jié)合,而近端泛素賴氨酸側(cè)鏈的氨基則與來(lái)自水分子的質(zhì)子結(jié)合。參與反應(yīng)的側(cè)鏈官能團(tuán)用骨架式表示,共價(jià)鍵用黑色實(shí)線表示,非共價(jià)鍵用黑色虛線表示。

圖3 擬南芥DUBs的種類及結(jié)構(gòu)域(Vogel K and Isono E., 2024)。


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UbiQBio成立于2010年,位于荷蘭阿姆斯特丹,專注于泛素(ubiquitin)及其類似蛋白的研究工具開(kāi)發(fā)。公司由教授Huib Ovaa、Farid El Oualid和Alfred Nijkerk創(chuàng)立,致力于為藥物發(fā)現(xiàn)。技術(shù)平臺(tái)由三項(xiàng)專有技術(shù)組成: Ubi0Bl0ckm.Ubi0-Cick" 和 Ubi0-Swn™,這使我們能夠開(kāi)發(fā)泛素 (Ub)領(lǐng)域所缺乏的產(chǎn)品和服務(wù),利用這些化學(xué)合成技術(shù),我們可以構(gòu)建件何U6綴合物、Ub突變體及其組合。現(xiàn)在可以更有效地開(kāi)發(fā)已知試劑,但最重要的是構(gòu)建遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出任何當(dāng)前可用(生物)方法所能達(dá)到的試劑。借助我們的專有技術(shù)平臺(tái),我們能夠使用自動(dòng)同相肽合成技術(shù)合成天然構(gòu)象的位點(diǎn)選擇性泛素化肽。

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